با توجه به ظاهر، کاربرد، نحوه عملکرد، مکانیسم اثر و … تفاوت‌های بسیار زیادی بین این دو گروه آنتی ویروس وجود دارد. از مهم‌ترین تفاوت آنتی ویروس‌ها می‌توانیم به موارد مهم زیر اشاره نماییم:

1. آنتی ویروس‌های خانگی را برای مصارف ساده مورد استفاده قرار می‌دهند، این در حالی است که آنتی ویروس‌های تحت شبکه را برای سایت‌ها، شرکت‌ها و سازمان‌های مختلف مورد استفاده قرار می‌دهند.

2. آنتی ویروس‌های خانگی تنها می‌توانند یک سیستم را پشتیبانی نمایند، این در حالی است که آنتی ویروس تحت شبکه می‌تواند چندین سیستم را پشتیبانی نموده و از ورود سیستم‌های بیگانه به آن‌ها جلوگیری نماید.

3. مکانیسم اثر و عمل در آنتی ویروس‌های تحت شبکه کمی پیچیده‌تر است و می‌توانیم به همین دلیل قدرت ایستادگی بیشتری را در آن‌ها مشاهده کنیم. این در حالی است که عملکرد آنتی ویروس خانگی در برابر عوامل خارجی ویروس‌های خانگی کمی ساده‌تر هستند ولی باز هم توانایی محافظت از یک سیستم را دارا می‌باشند.

4. آنتی ویروس‌های تحت شبکه قیمت بالاتری را دارا می‌باشند و معمولا پشتیبانی شرکت ارائه دهنده هر چند مدت یکبار آن‌ها را بررسی خواهد کرد. این در حالی است که آنتی ویروس‌های خانگی موجود در بازار را می‌توانید با هزینه‌ای معقول تهیه و مورد استفاده قرار دهید.

5. آنتی ویروس‌های خانگی از نمونه آنتی ویروس‌های دسکتاپی هستند، در حالی که آنتی ویروس‌های تحت شبکه به شبکه‌ی مدیریتی اتصال دارند و بر اساس راهکار مدیریت متمرکز عمل خواهند کرد و در نهایت بعد از شناسایی ویروس برای از بین بردن آن اقدام می‌کند.

6. آنتی ویروس تحت شبکه کنترل مستمر را دارا می‌باشد، در حالی که سیستم‌های خانگی این مورد را دارا نمی‌باشند.